#56 ケルベロス

帝国警備隊に所属するゾイド乗りばかりが、トリニティ・ゴーストと名乗る正体不明の連中に襲撃されるという事件が続発した。彼等は襲撃する相手に対して必ず『判決文』と題したデータ通信を送っていた。軍事用通信網を利用し、犯行予告を行っていたのだ。ゲーム感覚で犯行を行う犯人達を許せないと息巻くトーマ本人に予告状が届く・・・！
呼び出された場所に向かうトーマ。だが、巨大なケルベロスにやられてしまう。「３体のセイバータイガーが合体して巨大化した」というトーマの言葉に、フィーネは「ヒルツの仕業では・・・」と思案するが、バンは別の奴等の仕業と考える。そして、バン当人にも判決状が送られてくる。
バンはトーマの母校であるアカデミーに向かい、そこで、ハインツ、クルト、アレキサンダーの３人に出会う。「完璧なシステムさえあれば、ゾイドに操縦者は不用だ」というハインツに、全てコンピューターで制御されたセイバータイガーを見せられる。ハインツ達こそトリニティ・ゴーストだったのだ。彼等が帝国警備隊を襲う動機を掴むバン。
一方、トーマは自分が襲撃された現場で発見された残骸を分析し、それが電波受信機であることを割り出す。ハインツ達の手の内が読めたバンは「完璧さだけが全てじゃない」と、ゾイド乗りの在り方を分からせる為に立ち上がる・・・！