お茶の水博士とセレナ博士は世界で一番早い列車、ブルーナイト・エクスプレスで旅行中。テスト運転に招待されたのだ。一方ラボに残ったアトム達はブラント博士の退屈な授業を受けている。と、そこにヒョウタンツギが出現！OT2に映ったのは制御不能に落ちいった未来型の列車だ。そしてその車体には「ブルーナイト・エクスプレス」のロゴが！列車はドンドン加速中、このままスピードがアップすると危険だ！はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？
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