第1話～第12話

グレッチェンに殺されたサラの敵を討つため、グレッチェンとウィスラーの後を追いLAへとやってきたマイケル。組織の秘密を握る人物との取引でホテルに現れた2人を尾行し、彼らに銃口を突きつけるマイケルだったが、そこで衝撃的事実を告げられる。「サラは生きている」と……。後日、マホーンとウィスラーに呼び出されたマイケルは、サラの情報を教える代わりに組織を潰す計画への協力を依頼されるが全て話し終える前に、ウィスラーが銃弾に倒れる。ウィスラーが組織を裏切った可能性があるとして、彼と行動していたグレッチェンにも疑いがかかり、彼女に失望した閣下ことクランツ将軍は、彼女の始末を殺し屋に任せる。マイケルはサラの行方を追ってシカゴに戻って来るが、警官に見つかってしまう。その頃、パナマにいるリンカーンも刺客を殺し逮捕されていた。拘留されたマイケルは、国土安全保障省のセルフから兄弟の自由と引き換えに、極秘で"スキュラ"と呼ばれる組織の機密情報カードを奪うよう持ちかけられ、いったんは断るが再び命を狙われ組織と戦う決意をする。