第1話 新たなる敵 ザ・メカニック

マダガスカルで地質学者たちの乗った探査車が正体不明の巨大なマシンに襲われ、そのマシンによって切り裂かれた地表の割れ目に落下。GDFから出動要請を受け、サンダーバード1号・2号・S号の3機が現場へ向かう。正体不明の敵は「ザ・メカニック」と名乗り、男はGDFからの停止命令にも従わず、トンボ型のロボットを操ってGDF機を墜落させる。バージルはトンボ型ロボに襲われて垂直離着陸エンジンをやられてしまうが、トレーシー・アイランドに戻り、なんとか胴体着陸に成功する。フッドが裏で糸を引いているのではないかと疑うペネロープは、フッドが収監されている刑務所を訪ねる。スコットが探査車から地質学者たちを救出する一方で、ケーヨはザ・メカニックと対峙する。ケーヨに問い詰められたザ・メカニックは「ブレインズによろしく」と言い残し、マシンを自爆させて逃走する。