科学忍者隊ガッチャマンF

『科学忍者隊ガッチャマンⅡ』の続編で、シリーズ三作目。
科学忍者隊によって倒された総裁Xが総裁Zとして蘇り、三たびギャラクターを結成。新型メカ・ガッチャスパルタンで戦いを挑む科学忍者隊に、かつてない激闘と過酷な運命が待ち受ける。

過去二度に渡り地球を滅亡の危機に追い込んだ、秘密結社ギャラクターの影の支配者・総裁Xは、ついに科学忍者隊によって倒された。破壊された総裁Xのメカブレーンと呼ばれる機械生命体が復活した。総裁Xの復讐のために蘇った総裁Zは、世界征服を目論むエゴボスラー伯爵率いる"エゴボスラーファミリー"と手を組み、新生ギャラクターとして活動を開始した。ようやく掴んだ平和を乱す敵の出現に、科学忍者隊は最新鋭戦闘機ガッチャスパルタンで出撃。エゴボスラー伯爵率いるギャラクターと、科学忍者隊の地球の命運を賭けた壮絶な戦いが始まった。