アメリカ初の女性大統領が誕生したばかりのワシントンD.C.。子供たちを救うためサンガラの米国大使館に出頭し、アメリカに強制送還させられたジャックは、CTU時代の行き過ぎた捜査について公聴会で厳しい追及を受けていた。その最中、FBIの女性捜査官ルネ・ウォーカーが現れ、議長のメイヤー上院議員にジャックの引き渡しを要求。FBIワシントン支局に移送されたジャックは、ルネから通信、交通、電力網などのインフラ防護システム、CIPファイアウォールの設計者であるマイケル・レイサム誘拐事件の捜査協力を要請される。自分は引退した身と丁重に断るジャックに、ルネは首謀者のひとりだと言い、映像を見せる。そこに映っていたのは、死んだはずのトニー・アルメイダだった。
その頃、トニーの一味は、拉致したレイサムにCIP装置を作らせ、航空管制センターの通信システムに侵入。飛行中の約3000機の飛行機を意のままに操る力を手に入れる。トニーがテロ行為に加担するはずがない、と信じるジャックは真相を確かめるため捜査に加わり、拉致前に一味が行った窃盗の報告書から調達屋ガブリエル・シェクターの関与をつかむ。ルネはジャックの協力に難色を示す上司のモスを説得し、ジャックと共にシェクターのオフィスへ。力づくで口を開かせる寸前、外から突然銃撃され、シェクターが撃ち殺される。
その頃、トニーの一味は、拉致したレイサムにCIP装置を作らせ、航空管制センターの通信システムに侵入。飛行中の約3000機の飛行機を意のままに操る力を手に入れる。トニーがテロ行為に加担するはずがない、と信じるジャックは真相を確かめるため捜査に加わり、拉致前に一味が行った窃盗の報告書から調達屋ガブリエル・シェクターの関与をつかむ。ルネはジャックの協力に難色を示す上司のモスを説得し、ジャックと共にシェクターのオフィスへ。力づくで口を開かせる寸前、外から突然銃撃され、シェクターが撃ち殺される。
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